為提昇偏遠地區教育水準及縮小城鄉差距，教育部於民國80年8月1日設立高雄海專澎湖分部，民國84年7月1日正式獨立成為國立澎湖海事管理專科學校，民國89年8月1日升格改制為國立澎湖技術學院，並於民國94年8月1日改名為國立澎湖科技大學，成為國內離島地區第一所科技大學。 本校是一所涵蓋漁業、工業、觀光業、資訊業及管理等類別的綜合性科技大學。本校重視實務教學，並以培育具有國際觀及創造研發能力之專技人才為宗旨。為因應國家發展，地方建設之需要，以及地方產業特性之需求，逐年增設相關科系，並經常辦理推廣教育，以達到學校與社區間資源共享，人才共用之目標。