馬偕紀念醫院創於1880年，100多年來從事醫療傳道，造福無數病患。近年來醫療生技快速進步，體會到沒有基礎研究及教學的支持，臨床服務有其侷限，傳承不易，醫療人員服務奉獻的熱情亦日漸淡薄，有感於此，馬偕紀念醫院的董事會遂於1995年開始籌設醫學院，立意以耶穌基督救世服務人群的愛心，效法馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神，結合馬偕紀念醫院之臨床醫療基礎、充沛之研究與教學能力，培育富有尊重生命、關懷弱勢族群之醫療專業人才，並以基督信仰為基礎,提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫護教育訓練，設校興學。歷經多年的努力，於1999年3月成立醫學院籌備處，5月聘高銘憲教授擔任籌備處主任;2005年9月8日第一屆董事會選出林建德董事長;2008年5月聘方菊雄教授擔任籌備處主任，2009年1月第二屆董事會選出黃俊雄董事長，2月通過立案申請，4月教育部通過任用魏耀揮教授為首任校長，7月醫學系及護理學系招生。2012年7月生物醫學研究所及聽力暨語言治療學系招生。