本校由聖嚴法師所創立，其前身為中華佛學研究所(1985年聖嚴法師創立)。於民國96年（2007年）4月8日，經教育部核准立案，成為我國第一所納入高等教育體系的宗教研修學院，名為「法鼓佛教研修學院」。復自97學年度起經教育部核准，更名為「法鼓佛教學院」。 在學術研究方面，以過去已具備之「印度佛學組」、「中國佛學組」、「西藏佛學組」師資陣容，融合漢傳、南傳，與藏傳佛教之精華，開創佛教研修之新紀元。並且將原有的佛學資訊學程擴大為「佛學資訊組」，以培養佛學數位典藏與知識管理系統人才。 在實踐修行方面，融合法鼓山僧團之朝暮課誦、禪坐或定期共修為平常定課，以養成修行習慣。同時，結合法鼓山世界佛教教育園區之教學資源，進行禪修、儀軌、弘化等各類行門的理論探討與歷史演變之考察，以及實踐修行指標之建立，使學生們養成自主終身學習的習慣，以醞釀研究與修行並重學風，以及學業與志業結合的發展。